با اخذ مجوز دوره دکتری  برق قدرت، تعداد رشته های مقطع دکتری در دانشکده مهندسی دانشگاه زنجان به سه رشته افزایش پیدا کرد. در حال حاضر دو مقطع دکتری در رشته های برق الکترونیک و مکانیک در دانشکده مهندسی دانشگاه زنجان دایر می­باشد و برای اولین بار از نیمسال دوم سال تحصیلی91-90 به ترتیب 3و 5 دانشجو در دوره دکتری برق الکترونیک و مکانیک جذب شده و مشغول به تحصیل می باشند.

شایان ذکر است با تشریک مساعی مسئولین دانشگاه مخصوصاً دانشکده مهندسی اقدامات اولیه به منظور اخذ مجوز لازم برای تعداد دیگری از رشته ها در مقطع دکتری در آینده نزدیک صورت گرفته و  تلاش می­شود مجوز رشته های مهندسی برق کنترل، عمران، معماری،  معدن و کامپیوتر  اخذ شود.

لازم به توضیح می باشد در حال حاضر هفت رشته با یازده گرایش مختلف در مقطع کارشناسی ارشد در دانشکده مهندسی دانشگاه زنجان وجود دارد که مهندسی برق در دو گرایش الکترونیک و قدرت مکانیک (گرایش طراحی کاربردی) عمران در چهار گرایش (سازه، مکانیک خاک و پی، سازه های هیدرولیکی و راه و ترابری)، نقشه برداری (ژئودزی)، کامپیوتر گرایش نرم افزار، معدن با گرایش مکانیک سنگ و معماری رشته­ های موجود در مقطع کارشناسی ارشد را تشکیل می­ دهند. ضمناً از مهرماه 1391 دو گرایش مهندسی مکانیک تبدیل انرژی و ساخت و تولید به گرایش ­های کارشناسی ارشد مکانیک این دانشکده افزوده خواهد شد.